1967年のZFM(マナウスフリーゾーン)発足以来、税制恩典を活かし日系企業、欧米企業が次々に進出し、急激に発展していくマナウスにおいて、戦前、戦後移民で構成されたマナウス日本人社会においても大きな変革をもたらすこととなる。 南伯から商業関係者がマナウスに移住、日系企業駐在員や、その家族も急増し新たな日系コミュニティが形成され、既存の日伯協会以外にも日系人のための親睦交流の場が求められるようになる。
そのような情勢において、ベレンの日系商工会議所発足のニュースが大きな話題となり、マナウスでの商工会議所設立を望む声が高まる。1985年10月には設立に向けた地元、進出企業有志により最初の集まりが市内のインペリアルホテルで開かれた。 翌年の6月にパラ州日系商工会議所よりZFM視察団が来訪、マナウスの会議所設立有志との懇親会で彼らの会議所活動の実態を目の当たりにし、マナウスでの会議所設立の気運が一気に具現化する。 同年10月には設立発起人会による準備委員会が発足した。
日系企業45社の協力を得て、1987年2月5日、正式名称をアマゾナス日系商工会議所（Câmara de Cómercio e Indústria Nipo-Brasileira do Amazonas）とし、ノーボテルにて設立総会が開催され、出席者43名により進出企業から浜好洋会頭、地元から陣内衛専務理事をはじめ全18名の役員が選出された。
1995年には組織改革がなされ、産業別に特殊性を活かした工業、商業、農業部会の部会制が敷かれた。 更に2003年に活動の中核となる専務理事体制を強化した。 設立20周年節目の2007年から日系二世の副会頭からなる渉外委員会を中心に、アマゾナス州の経済発展に積極的な働きかけを展開してきた。
2017年、設立30周年を迎えて会員相互の親睦、情報交換にとどまることなく、ZFM現状の発信源として、またマナウス産業界を代表する組織の一つとして、州政府やマナウス企業団体にも認識された存在となるまでに成長を遂げた。